作为药用，以产于河南焦作（怀庆府）一带的'怀菊'最为有名，是四大怀药之一。其次为安徽的'亳菊'、'滁菊'、浙江的'杭菊'。四川的'川菊'和山东的'济菊'等。《神农本草经》羽：'菊服之轻身耐老'。说明菊花有一定的补益作用。从汉代起，重阳节有饮菊花酒的习俗；而今，菊花不但有清香之气，使人神怡，而且有明目、祛暑的作用，可缓解两眼昏糊、头晕、头痛等。将菊花晒干，装入布袋中作枕芯，名'菊花枕' ，枕之使人闻到芳香，有清脑明目，降低血压之功。《本草纲目》就有'菊花作枕明目'的记载。 　　
现代医学研究证明，菊花有很好的抗菌扩张冠状动脉血管作用，既可风服，又可外用。药理研究证实，菊花的清熟解毒功效，在于它有广普抗菌作用，对多数皮肤真功菌葡萄球菌、链球菌痢疾杆菌、绿脓杆菌和流感病毒等具有较好的抑制作用。将菊花制成流浸膏外用，可治子宫颈麇烂；用菊花煎汤熏洗，可治湿疹和皮肤瘙痒。如患痈肿疔毒、淋巴腺发炎，可煎汤内服，并取鲜菊花捣烂取汗涂患处；关节炎患者，可用菊花、陈艾作芯、做成护膝，有消炎止痛作用。菊花配鱼腥草、忍冬藤，煮汤内服，可防止流行性感冒。用菊花泡茶饮，有辅助降压效果。 　　
怀菊花不仅让人悦目，采摘下的菊花可制成保健茶。每年十月底，菊花茂盛之时，产于河南省古怀庆府（今焦作地区）的怀菊花被采摘下来，经过蒸气杀青之后，晒干至含水率70％以下，手捻花瓣即成粉碎时，便可备用。在《本草纲目》中对菊花茶的药效有详细的记载：性甘、味寒，具有散风热、平肝明目之功效。《神农本草经》认为，怀菊花茶能“主诸风头眩、肿痛、目欲脱、皮肤死肌、恶风湿痹，久服利气，轻身耐劳延年”。现代医学也研究证实，菊花具有降血压、消除癌细胞、扩张冠状动脉和抑菌的作用，长期饮用能增加人体钙质、调节心肌功能、降低胆固醇，适合中老年人和预防流行性结膜炎时饮用。对肝火旺、用眼过度导致的双眼干涩也有较好的疗效。同时，菊花茶也具有一定的松弛神经、舒缓头痛的功效。 　　
近年来，菊花的身价倍增，医药科研单位发现它含有丰富的黄酮，这类化合物有扩张冠状动脉的作用，能增加冠状动脉的血流量，对心绞痛有一定疗效。用怀菊花浸出物治疗冠心病患者，有效率达58％以上，尤其对伴有高血压、心绞痛的患者，有很好的疗效。